Introduction : Le neuropaludisme demeure une affection redoutable et pourvoyeuse de séquelles neurologiques dont certaines sont responsables de handicap permanent. L’objectif de l’étude était de rechercher les facteurs de risque associés aux séquelles du neuropaludisme. Méthodologie : il s’agissait d’une étude rétro-prospective de cohorte allant de janvier 2023 à septembre 2024, incluant tous les patients âgés de 0-15 ans qui avaient un neuropaludisme à l’HNN et à l’HNABD de Niamey. Les données ont été analysées grâce au logiciel Epi info version 7.2.6. 0. Le test chi² de Pearson et le test exact de Fisher ont été utilisés (P˂0,05). L’Odds Ratio et l’intervalle de confiance ont permis de quantifier le risque. Résultats : Sur les 517 cas de neuropaludisme enregistrés, 80 patients avaient présenté de séquelles (15,5%). Le sexe masculin était majoritaire avec 54,7% et un sex-ratio H/F= 1,2. La tranche d’âge de 0 à 60 mois était la plus affectée soit 60,7% avec un âge moyen de 36 mois et des extrêmes de 1 et 180 mois. La provenance urbaine était la plus fréquente à 73,9%. Dans notre étude, le coma, la durée du coma et la profondeur du coma et la non administration des anticonvulsivants avant l’admission ont constitué des facteurs de risque significatif de la survenue des séquelles en cas de neuropaludisme (OR >1 et p <0,05). Cependant le nombre de convulsions ≤ 3 par 24 heures a constitué un facteur protecteur significatif de la survenue des séquelles (OR <1 et p <0,05). Le taux de létalité en cas de neuropaludisme était de 7,3%. Conclusion : les séquelles neurologiques du neuropaludisme étaient fréquentes chez les enfants. La connaissance des facteurs de risque associés à leur survenue nous permettra de les prévenir.